橘子群岛的最边缘，亚西亚岛，小智三人因为海上天气，停留在这座岛上，并且参加了岛上的庆典。
根据扮演小巫女的芙卢丝的请求，小智将要前往三座小岛的神庙，取回“宝物”，完成庆典。
“好，那就准备出发咯，好事不多磨。”小智站起身来，：“小霞小建，你们要不要一起去？”
“哼，我不要。”小霞明显还在生闷气：“我又不是你的妹妹，更不是你的女朋友。别让我来做你的私人保镖～！”
“皮卡！”突然，皮卡丘把小智的帽子叼着，跑了起来，冲向夜色。
“皮卡丘？”小智好奇的跟着跑了出去。
“等等我，我带你们去其他小岛。”游艇的主人小美也跟了上来。
就这样，夜空中，小智和皮卡丘向着某个岛屿，出发了。
嘭……游艇在行进的过程中，一声闷响，小智奇怪的挠了挠头：“为啥我听见了好讨厌的感觉……”
好不容易从鲤鱼王群里逃脱，整个潜水艇只剩下一个底座的水上自行车。
火箭队三傻凭着自己的坚持和毅力，硬是骑着破破烂烂的潜水艇残骸逃了出来，向着亚西亚岛顽强的前进你着。
可惜冤家路窄，还没到达亚西亚岛，就遇到了着急出港的小智。
大晚上的，小智愣是连这三个冤种的面都没见到，这三人就被游艇直接撞飞了。
皮卡丘站在游艇的船头，神色严肃。小智揉了揉小家伙的脑瓜子，也不知道干啥这么严肃。
小智和皮卡丘刚离开亚西亚岛，乌云便笼罩了过来，哗啦啦的小雨也下了起来。
看着海上卷起的波涛，小智微微皱眉，雷之神恐怕要遭殃了。
小船一路乘风破浪，从刚开始的平稳行驶到后来的微微颠簸，再到现在的劈波斩浪。
哗啦！一阵海浪迎面拍在小智脸上，小伙子淡定的转头，吐出一口海水。：“哪个怂货说的拿宝藏一点也不难，明明就很难。”
亚西亚岛上，随着暴风雨的来临，芙卢丝和姐姐担心的看着海上：“我还说不困难，这种暴风雨的考验太困难了……”
“姐姐！借我船！”芙卢丝回头坚定的说道。
“这种天气，你要船做什么？”小优担心的问。
“有个人，为了没有意义的例行公事，要遇到危险了，而且还是我拜托他的。这是我的责任。”芙卢丝低头说道。
就这样，在暴风雨的洗礼中，芙卢丝向着码头跑去，小霞和小建紧随其后。
“你们跟着来做什么？”芙卢丝疑惑的问道。
“我要去，虽然我不是他妹妹，也不是他女朋友，可是我要去！”小霞目光坚定。m.23sk.
“哦～我知道了，你是跟随着他到这里的是吗？”芙卢丝笑道。
“我才没跟随他，只不过，他刚好在我要去的地方而已。”小霞顾左右而言他。
“没错，我也是这样。”小键也跟着凑热闹：“我还指望他带我去见大木博士呢。”
三个人驾驶着芙卢丝姐姐的快船，向着小智的方向追去。丝毫没有休息，三个被海浪拍到岸边的冤种，也偷偷跟着上了船。
“有小鬼头的地方就有我们火箭队，”躲在船舱甲板上，躲在遮雨布中，武藏得意的笑道。
“没错没错。”小次郎笑着附和。
“不用淋雨，还有免费的船坐，太幸运了喵～”喵喵乐呵的趴在遮雨布里。
浓厚的云层上，空中堡垒的主人淡定的看着自己的屏幕：“过去那三股力量刚好维持平衡。现在其中一个被我拿走了，崩溃的部分就埋起来好了。”
“报告，疑似闪电鸟的生命体正在向火之岛移动中。”电子合成音传来。
亚西亚岛上，小优和长老忧心忡忡的看着电视机里，上面正在滚动播放着新闻。
“全世界突然发生前所未有的天灾地变，目前已经查出，是深层海流发生异常而造成的。
深层海流是在星球深海里流动的海流，被认为对全世界的气象，天气与大自然有重大的影响。”
真新镇同样是重灾区，还好居民少，大多数都集合在了本地最坚固的庇护所，也就是大木研究所中。
大木博士坐在电脑前，同样看着新闻。
“原来是深层海流发生了异变。”大木博士恍然大悟的点点头。
电视则是继续播报着：“这一连串的变化中心，被认为是在橘子群岛附近。”
”橘子群岛……”大木博士一惊。“正好是小智现在所在的地方啊。”
正在这时，大木博士的电话响起，大木博士顺手接通。
咔嚓，视频接通，电话那头是内木博士。
“我是橘子群岛的内木博士，橘子群岛这里的宝可梦们，都发生异变了。”内木皱眉汇报道，视频电话的背景里，小刚正卖力的从门外把一只只宝可梦抱回室内……
……
视线回到海上，小智抬头看了看天空：“终于放晴了。”
“可是，大海还是动荡不安啊。”船长小美还是忧心忡忡。
在翻涌的波浪中，小智和小美抓紧船只，在路过一座暗礁的时候，被浪头推起来的船只直接把船尾的舵撞了个支离破碎。
“失控了，船要撞上岸了！”小美一声大喊。
小智一手搂住皮卡丘，一手抓紧船只的栏杆迎接冲击。
轰隆隆～一阵震动，小智两人终于成功上岸了，连船一起……
两人翻身下船，四周是漆黑的岩石暗礁。
“皮卡！”一下船皮卡丘马上向着某个方向跑了起来。小智快步跟上。这个时候除了相信皮卡丘的直觉，也没有别的办法了。
“等下，现在天气恶劣，最好别离开心里。”小美提醒道。
“小美船长，请你留守这里，我和皮卡丘去去就回。”安抚了一下小美，小智跟着皮卡丘头也不回的沿着一边的石阶向上跑去。
另一头。小霞三人乘着芙卢丝的高速快船在大风大浪中自由的穿行，贴着海浪不断的转换方位。
即使周围风起云涌，芙卢丝驾驶的快船依然稳如泰山，操作技术丝滑到宛如吃了某巧克力～
”你也太强了吧～”小霞佩服的看着芙卢丝。
“那是因为对我们亚西亚岛的人来说，船就是摇篮一样的东西。”芙卢丝解释道。
“我是水系宝可梦道馆的小孩，海浪的声音就是我的摇篮曲！”小霞不甘示弱的表示。
就这样，三人顺着浪头，在小美船长搁浅的同一个位置，冲上了海滩。
小美船长待在船舱里，刚给自己到了一杯热可可。还没喝到嘴里，船舱就是一阵晃动。
好吧～小美低头看了看胸口，这辈热可可一点也没浪费……
打开舱门来到甲板，小美就看见自己的小船被追尾了……
“哈哈哈……小美船长，你没事真是太好了。”小建和小霞尴尬的打着招呼。
“我可谢谢你们。你们是来救我的？”看着同样搁浅在岸边的快船，小美无奈的问到：“你们确定帮得上忙？”
小霞三人：……